31 Mart 2024 Mahalli İdareler Genel Seçimleri'nde Manisa Büyükşehir Belediye Başkanlığı'na CHP'nin adayı Ferdi Zeyrek seçilirken, Ferdi Zeyrek ''Ben Manisaspor'luyum. Manisaspor yolda oynasın ben kaldırımda maç izlerim. Manisa Futbol Kulübü, Manisa Büyükşehir Belediyesi'nin tesisleri, personelini, araçlarını, benzinini kullanıyor. Cuma sabahı itibariyle Manisa Büyükşehir Belediyesi'nin tesislerinden çıkmalarını istedim'' demişti. Bu açıklama sonrasında Manisa Futbol Kulübü'ne sezon sonuna kadar izin veren Belediye Başkanı Ferdi Zeyrek'in bu hamlesi Manisa Futbol Kulübü'nü iyice zor durumda bıraktı.
Radyospor ve Trivela Spor gibi önemli kuruluşlarda görev yapan gazeteci Nazım Türknas'ın özel haberine göre Manisa Futbol Kulübü Başkanı Mevlüt Aktan zehir zemberek açıklamalarda bulundu. Aktan yaptığı özel açıklamada ''Manisa siyaseti Manisa Futbol Kulübü'nü istemiyor. Biz ne yaptık? Böyle giderse kulübün ismini memleketimin takımı Rize Fındıklı FK’ya çevireceğim. Manisa Büyükşehir Belediyesi, bizi tesislerimizden kovmak istiyor, onca emek sarfettiğimiz ve zor zahmet açtığımız stadımızdan çıkartmak istiyor. Biz Kuzey Irak takımı mıyız? Manisaspor’u bitirdiler, batırdılar, o zaman kimse hesap sormadı. Şu anda Manisaspor’u amatör kümeden süper lige çıkartmak 15 sene ister.'' dedi.
2023-2024 sezonunda TFF 1.Lig'de mücadele eden Manisa Futbol Kulübü 34 maçta 9 galibiyet, 13 beraberlik ve 12 puanla 40 puan toplarken bu süreçte sezonu küme düşme potasının iki puan önünde bitirdi.
